La organización del Instituto de Ingeniería corresponde a la nueva estructura organizacional de la Universidad Autónoma de Baja California, la cual la forman el cuerpo directivo y administrativo, la coordinación de posgrado, la de gestión y vinculación y la del Centro de Estudios del Desierto, además de las coordinaciones de las áreas académicas: Medio ambiente, Ingeniería Química e Ingeniería Física, que contienen departamentos y sus respectivos laboratorios.
En el Área de Medio Ambiente funciona el “Departamento de Hidrología Geofísica e Impacto Ambiental” que incluye los laboratorios de “Geofísica, Geotécnica y Ambiental”, “Hidrología y Sistemas de Información Geográfica” y “Suelo, Agua y Cobertura Vegetal”, también se tiene el “Departamento de Tecnologías Limpias y Medio Ambiente” con los laboratorios de “Residuos Sólidos”, “Energía Solar”, “Calidad del Aire” y “Químico Ambiental”, Además, en esta área se cuenta con el “Departamento de Meteorología y Climatología” con el laboratorio del mismo nombre. En el Área de Ingeniería Química se tiene el “Departamento de Sistemas Energéticos” en el cual se encuentran el laboratorio de “Sistemas Térmicos y Eléctricos”, la Sección de “Planeación” y el laboratorio de “Ingeniería de Procesos”, también opera el “Departamento de Corrosión y Materiales” donde se cuenta con el laboratorio del mismo nombre y con el de “Electroquímica”. En el Área de Ingeniería Física se incluye el “Departamento de Computación e Informática” en el cual se encuentran los laboratorios de “Tecnologías Educativas”, "Ingeniería de Software" y “Computación Científica”, también se cuenta con el “Departamento de Física Aplicada” con los laboratorios de “Bioingeniería”, “Optoelectrónica”, “Metrología Científica y Aplicada” y “Semiconductores y Nanomateriales“.
En esta sección se presenta en forma esquemática la organización, mostrándose el cuerpo directivo y administrativo, las áreas, departamentos y laboratorios con su correspondiente personal asignado. Además, se indican en forma resumida las principales actividades profesionales realizadas por los integrantes del Instituto de Ingeniería.
